La razza umana è quasi estinta dopo una guerra con partial - esseri organici costruiti artificalmente ma che sono identici agli esseri umani -. La popolazione è ormai decimata, gli uomini sono ridotti a poche decine di migliaia grazie al virus RM, a cui solo una piccola parte dell'umanità è immune; i sopravvissuti del Nord America si sono ammucchiati a Long Island, mentre i partial sono misteriosamente sapriti. La minaccia dei partial è ancora imminente, ma, peggio ancora, è rmai da decenni che nessun bambino è nato immune dal virus RM. Il tempo degli uomini sta per scadere. Kira, una ragazza di sedici anni, si sta addestrando per diventare medico ed è in prima linea in questa battaglia, e, vedendo il virus RM devastare la comunità mentre le leggi di gravidanza obbligatora hanno spinto quel che resta dell'umanità sull'orlo della guerra civile, non si accontenta di stare a guardare. Kira decide quindi di provare a salvare la sua razza e tenterà di scoprire i collegamenti tra gli uomini e parials perchè è convinta che sia l'unica via d'uscita da questa situazione disperata. Inizia quindi la sua ricerca delle connessioni che l'umanità ha dimenticato, o forse non sapeva nemmeno che esistessero.

In un mondo alternativo, ogni persona nasce con due diverse personalità, due anime. Con il passare del tempo, in modo naturale, l'anima dominante prende il sopravvento e quella recessiva viene dimenticata, scompare come un amico immaginario che ci ha tenuto compagnia solo nell'infanzia. Il sopravvivere delle due anime dopo la pubertà è illegale e visto dalla società come un'aberrazione da correggere. Ma in Addie, nonostante i suoi sedici anni, è ancora presente Eva, la sua seconda anima ancora attiva. E' proprio Eva la voce narrante che ci fa vivere le emozioni dal suo punto di vista. Rannicchiata nella mente di Addie, Eva interagisce con l'altra parte di sé: come due vere sorelle si amano, si proteggono, ma possono diventare anche gelose l'una dell'altra. Nonostante tutti i tentativi per difendere e nascondere l'esistenza della debole Eva, il segreto di Addie viene scoperto e le due vengono rinchiuse in un agghiacciante centro per ibridi non resettati. L'unico modo per sopravvivere entrambe è una fuga impossibile.

Alyssa Gardner riesce ad ascoltare i sussurri degli insetti e dei fiori, proprio come la madre che è finita in un ospedale psichiatrico un anno prima. Questa maledizione risale allla sua antenata Alice Liddell, la reale ispirazione per Lewis Carroll di "Alice nel paese delle meraviglie". Alyssa potrebbe diventare pazza, ma riesce a controllare i suoi poteri. Per ora. Quando la salute mentale della madre peggiora, Alyssa viene a sapere che quello che credeva essere finzione si basa su una realtà terrificante. Il vero paese delle meraviglie è un luogo molto più scuro e più contorto di quello che Lewis Carroll ha creato. Lì, Alyssa deve superare una serie di test, tra cui asciugare l'oceano di lacrime di Alice, movimentare un party addormentato, e sottomettere uno Bandersnatch vizioso, per risolvere gli errori di Alice e salvare la sua famiglia. Deve anche decidere di chi fidarsi: Jeb, il suo stupendo migliore amico e cotta segreta, o il sexy, ma sospetto Morpheus, sua guida attraverso il paese delle meraviglie, che può avere dei secondi fini oscuri.